（一）PCR过程中的DNA标记 1. 末端标记：在引物上标记有荧光探针，在DNA扩增过程时，使新形成的DNA链末端带有荧光探针。 2 .随机插入：选择四种缄机基，使其中一种或几种挂有荧光探针，在PCR过程中，带有荧光探针的碱基和不带荧光探针的碱基，同时参与DNA链的形成。由于带有荧光探针的碱基，可能影响PCR的产物，因此，需要调整荧光标记的碱基与未标记的碱基比率，以使得PCR产量和带有荧光探针的碱基在DNA的插入率达到一个平衡的水平，使杂交信号最强。
（二）RNA转录过程的荧光探针标记
某一种碱基标记有荧光，但要求该种碱基标记与非标记按一定比率混合，以达到最佳转录效果。
（三）荧光探针的选择 主要考虑以下几个因素：(1)荧光探针的激发和发射频谱；(2)荧光探针的发光效率；(3)荧光探针对PCR或逆转录效率的影响；(4)不同荧光探针的发射光谱是否有重叠。 常用的荧光探针：FITC，CY-3，ALEAX488，CY-5，ALEAX564
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